Чуунин
Чуунин (яп. 中忍 Чу:нин, «средний ниндзя») — в его обязанности входит руководство и наблюдение за небольшими группами других ниндзя. Синоби этого разряда достигли уровня зрелости, которая, прежде всего, состоит из навыков лидерства и тактического мастерства. Некоторые из них, как например Ирука Умино, исполняют функции преподавателя; а другие, такие как Нара Сикамару, служат руководителями групп, отвечая за небольшие команды. Они должны с максимальной эффективностью принимать решения и использовать навыки ниндзя, находящихся под их командованием. После достижения уровня тюнина, синоби может носить опознавательный боевой жилет, в котором хранятся ниндзюцу-свитки. Тюнина обычно посылают на миссии сложности C или B.

Чтобы достигнуть уровня тюнина, гэнин вместе со своей командой должен принять участие в крупном экзамене ("Экзамене на звание тюнина"), который проходит дважды в год из-за растущего числа синоби в деревнях. В прошлом каждая деревня проводила свой собственный экзамен, но после Третьей Мировой Войны Ниндзя, союзнические страны согласовались проводить его лишь в одном избранном селении, таким образом улучшая и укрепляя свои отношения. Другое преимущество состоит в том, что ниндзя, принимающий участие в этом мероприятии, привлекает клиентов, которые могут заинтересоваться его наёмом. Экзамен на звание тюнина — это испытание не только силы, но и способностей собирать информацию, выживать в трудных условиях и соблюдать руководящие указания. Тех, кто имеют все эти качества, распределяют по парам для проведения турнирных поединков, за которыми наблюдают судьи, принимающие решение кого продвинуть в звании, а кто этого не заслуживает. Победитель дуэли имеет право перейти к следующему сражению, но главную роль при вынесении решения жюри играет не победа, а действия синоби во время поединков. Таким образом, любой, кто доходит к третьей стадии Экзамена, даже принявший участие всего в одном поединке, имеет шанс стать Чуунином.

Токубэцу Дзёнин (яп. 特別上忍 токубэцу дзё:нин, «особый верхний ниндзя») (иногда сокращается до токудзё) — ими являются ниндзя с уровнем и способностями дзёнина, но которых подготавливают лишь в одной определённой отрасли военной науки. Это элитные специалисты, находящиеся в группах под командованием обычного дзёнина или возглавляющие отряды, которым вверяют задания одного, характерного рода. Один из примеров токудзё — это Ибики (эксперт в допросах) и Эбису (опытный учитель).

Уровень S
Ниндзя уровня S намного сильнее обыкновенного Дзёнин. S-уровень не относится к обычным званиям, официально таких ниндзя называют дзёнинами, они могут относиться даже к ещё более низким званиям или же вообще не иметь никакого. Преданность синоби этого ранга заключается в том, чтобы быть частью собственного селения и проявлять к нему лояльность, даже не живя в нём. Часто ниндзя этого уровня решают покинуть своё селение, пускаясь на поиск своих амбиций, и становятся ниндзя-предателями. Также ниндзя этого класса часто фигурируют в книге «Бинго», списке врагов для убийства, который имеет каждая деревня для использования дзёнинами и членами команды АНБУ. Большинство синоби, даже высшего уровня, избегают прямого столкновения с ниндзя уровня S. Ниндзя этого уровня значительно выделяются среди других и часто имеют прозвища, которые им дали их друзья или враги.

Похожие организации
Коноха имеет две организации похожие на АНБУ, но не являющиеся его подразделениями. Военная Полиция Листвы (яп. 木ノ葉警務部隊 Коноха Кэйму Бутай) или просто Военная Полиция — является уникальной организацией в Селении Листвы, хотя и другие деревни могут иметь подобные системы. Символ Военной Полиции — герб основавшего её клана Утиха. Когда-то она в основном состояла из членов именно этого клана, однако в настоящий момент большинство из них уже нет в живых. Данная организация занимается соблюдением законов в Селении, и имеет практически неограниченную юрисдикцию. Тем не менее, она не может вмешиваться в области, которые находятся под прямым контролем Хокагэ. Также они уважают следственную систему и внутреннюю дисциплину организации АНБУ. Нидзю-сётай (яп. 二十小隊 нидзю:сё:тай, Отряд двадцати) — это оперативная группа, созданная Цунадэ, Пятым Хокагэ. Эта воинская часть была создана для розыска, захвата, и, в случае необходимости, устранения членов организации Акацуки на территории Страны Огня. Нидзю-сётай состоит из 20-ти команд, каждая из которых насчитывает четырёх членов

АНБУ Селения Листвы обычно подчиняется прямым командам Хокагэ, но за несколько лет до первых событий истории «Naruto», существовал Департамент подготовки АНБУ известный как Корень (яп. 根 нэ). Организация была основана и непосредственно возглавлена Дандзо, который усиленно обучал и конденсировал мировозрение детей. Корень способствует полному устранению эмоций, чтобы дать возможность своим членам доводить до конца миссии, не сдерживая себя. Эта организация имеет тенденцию следовать и дальше своим убеждениям: синоби, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должен показывать никаких чувств (из упоминаний Сайя о правилах после того, как у него был найден подарок его «брата»). Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Академии Селения Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами. С того момента как Дандзо начал вести военную политику, что противоречило идеям Третьего Хокагэ, Корень был расформирован. Несмотря на это многие ниндзя остались преданны организации. Даже если организация показывает нам что имеет хорошие намерениям, Цунадэ и Дзирайя относятся к ней с подозрением.